現在はＪＲ西日本岡山支社直営で、山陽本線東岡山駅が管理駅になっています。
線路は１番線（１番のりば）が上り本線、２番線（２番のりば）が中線で吉永折り返し列車が使用、３番線（３番のりば）は下り本線となっていて、かつては４番線（ホームなし）もあり貨物列車などが待避していました。
吉永駅（動画）駅舎内は売店もなく改札口もＩＣＯＣＡエリア外なので自動改札機はなく、券売機も無人駅にあるタイプです。
窓口営業時間も閉鎖時間が頻繁にあり、信号取扱作業中（動画）に閉鎖されることも。
今年６月頃に山陽本線の岡山管内がＣＴＣ化され、この駅と隣の三石駅が無人駅になる予定です。
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| 山陽本線・吉永駅 |
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| 駅舎内 |
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| 券売機 |
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| 窓口営業時間 |
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| 信号取扱作業中の表示 |
