この駅は通常の乗降とは異なり、海底駅見学整理券（ゾーン５３９カード）が無いと下車することはできませんでした。また地上からの乗車も一切行っていませんでした。
開業時から快速海峡の１２号車を海底駅見学専用車両としていましたが、平成１０年３月から青函トンネル開業１０周年記念で快速海峡をドラえもん海底列車として運転、海底駅見学専用車両を増結する日もありました。
しかし平成１４年１２月１日ダイヤ改正で特急白鳥・スーパー白鳥の運転で快速海峡は廃止。以後は特急白鳥・スーパー白鳥の自由席を利用して見学（見学整理券必要）になりました。
翌年夏には７８１系電車６両編成を改造した吉岡海底駅見学専用列車特急ドラえもん海底列車が登場、平成１８年８月２７日までの学校休業日を中心に運転されました。
ドラえもん海底列車運転期間中も通常の海底駅施設見学も実施されていました。
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| 吉岡海底駅名標 |
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| 大きな荷物は預けられる |
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快速海峡時代のゾーン５３９カード
なぜか急行券・指定席券
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| 特急になってからの企画きっぷ 特急ドラえもん海底列車の指定席が利用できた |
